反渗透净水机有桶和没有桶的回收率不同，因此其排废水量也可能不同。反渗透净水机中，有桶的型号相对较为常见，该型号的机器会将部分水分离出来，留下来的净水被储存在水桶中。而没有桶的型号则会直接将废水排出。由于反渗透技术的特殊性质，这些机器在使用时排出的废水量会比较大，但这个问题可以通过调整操作方式或加装滤芯等方法得以解决。
反渗透净水机中的PP棉是第一级过滤网，主要过滤水中的大颗粒杂质、泥沙、铁锈等物质。如果不及时更换PP棉，会导致其堵塞、寿命缩短，影响下一个滤芯的滤芯进水量及使用寿命，甚至有可能导致后续滤芯受到污染，净水效果下降。建议根据水质情况，每三到六个月更换一次PP棉，以保证水质安全。
反渗透加入膜清洗剂后有余氯不正常。
反渗透膜中必须保持一定量的余氯，以防止微生物滋生，但余氯过高会导致膜性能下降，因此，在醋酸纤维素膜前需保持余氯0.1~0.5mg/L，而在芳香聚酰胺膜前需保持余氯＜0.1mg/L。反渗透膜清洗后有余氯，可能是因为清洗剂用量过多或清洗时间不够导致的，需根据实际情况进行调整。