厦门站到鼓浪屿最近的码头是厦门东渡码头，位于厦门市湖里区湖山路与西浦路交叉口，地面距厦门北站约5.5公里，车程约15分钟。
在通常情况下，厦门站是在岛内的思明区。离厦门的鼓浪屿景区比较近。厦门北站离厦门的园博园和厦门集美陈嘉庚故居景区比较近。
从厦门站出发，可以乘坐BRT3号线，乘坐到杏林站下车，从B出口出站，再步行4分钟到达鹭江道站，换乘BRT1号线，乘坐到植物园南门站下车，出站后步行约5分钟即可到达植物园门口。
如果不想步行，也可以乘坐前往植物园的公交车，从鹭江道站乘坐93路公交车，到达“园博苑”站下车，步行100米即可到达植物园南门。总的来说，这条路线较为便捷，用时大约40分钟，但需留意高峰时段的拥堵情况。