南郊车管所可以备案皮卡车后盖，但具体是否可以备案需要根据车辆的具体情况而定。如果后盖是由厂家原装提供并在行驶证上有相应的说明，则可以备案。如果后盖是后来自行安装的，则需要提供相关的技术验收证明和车辆改装备案手续，经过检查合格后方可备案。无论哪种情况，都需要保证后盖的质量和安全性。
根据我所了解的情况，南郊车管所除了可以备案符合条件的皮卡车，也可以备案皮卡车后盖。但是备案后盖需要满足一定的规定和要求，例如安全性能、尺寸和质量等方面。如果车主想备案皮卡车后盖，建议提前咨询车管所有关人员，并严格按照规定进行操作，以确保自己的车辆能够顺利备案通过。