宁扬城际线路起于仙林湖站，后沿仙林大道-纬地路-尤山路-润阳路-临港路-规划 大鹏河路敷设，在双纲河口下游下穿进入长江，过江后沿万年南路-真州路至仪征综合交通枢纽，再转向东南上跨仪扬河，经仪征开发区后向东经过朴席镇，然后折向北进入扬州市邗江区汊河镇，再沿站南路接入线路终点扬州西站。
1 宁扬城际工农路段主体结构主要包括桥梁、隧道和地下车站结构。
2 桥梁是城际铁路主要的路段结构，宁扬城际工农路段上的桥梁有：昆山北立交桥、长浦河特大桥、贡水二桥、南环路立交桥、虹桥南支河通道等。
隧道是有限空间的收敛式结构，南京至扬州段主要有四大隧道：蒋家庄隧道、平山隧道、松林隧道、鬼市隧道。